El origen del Colegio Mayor Universitario Cerbuna, se encuentra en la Residencia de Estudiantes de la Universidad de Zaragoza , que comenzó a funcionar en el curso 1924-1925. La inauguración oficial, tuvo lugar el 26 de febrero de 1925 , dentro de los actos de celebración del "Día de la Universidad", contando con la asistencia del rey Alfonso XIII. La guerra civil marcaría el fín de la etapa fundacional. La Universidad de Zaragoza, comenzaría de nuevo a funcionar en septiembre de 1939, pero la Residencia ya no volvió a abrirse .

En el curso 1950-1951, se comienza la construcción de la nueva y definitiva sede del Cerbuna, en la Ciudad Universitaria del Campus de San Francisco, frente a las antiguas instalaciones de la Sociedad Hípica Militar.

El 22 de abril de 1951 , se inauguró su actual emplazamiento. En estos últimos años, Los servicios e instalaciones prosiguen su renovación constante.